An dem WDFV-Pokal der B-Junioren nehmen in der Saison 2026/2027 die zehn bestplatziertesten Nachwuchsleistungszentren aus der DFB-Nachwuchsrunde der B-Junioren der Saison 2025/2026 sowie die beiden bestplatziertesten Mannschaften der Niederrhein-, Mittelrhein- und Westfalenliga der B-Junioren der Saison 2025/2026 teil.
Durch den Pokalwettbewerb wird neben dem FinalSix-Turnier, welches am Ende der Saison den Westdeutschen Meister der B-Junioren ausspielt, eine weitere Möglichkeit der Verzahnung zwischen den Nachwuchsleistungszentren und Amateurvereinen geboten. 

Die Spiele um den WDFV-Pokal der B-Junioren werden in drei Runden mit anschließendem Finale nach dem Pokalsystem ohne Rückspiele ausgetragen. Alle Paarungen bis zum Finale werden vor Beginn der ersten Runde ausgelost. Die Paarungen werden aus zwei Lostöpfen gezogen. Der eine Lostopf beinhaltet die Amateurvereine, der andere die Nachwuchsleistungszentren.  

Die Auslosung wurde im Rahmen des FinalSix vom 19.-21. Juni in der Sportschule Wedau von der Kommission Jugendspielbetrieb vorgenommen: